答：一、定位不同
1、总经理助理：总经理助理处于“总管家”与“部管部长”的双重位置，围绕着中心工作，上协调领导，下联系群众，事务、政务都要过问。与总经理、副总经理等一起并称公司高层人员。国企中总经理助理一般是升为副总经理前的过渡职务。
2、秘书：写字楼及商业机构内的文员职位，专长是速记、打字、安排日程、会议、订机票、订酒店等。
二、工作职能不同
1、总经理助理：起草公司工作计划总结，并作好公司重要会议记录;起草、存档整理总经理签发文件;公司管理制度、规章制度，网页设计方案书、合同书，公司总体运行配合;接听电话、妥当应答，并做好电话记录;掌握总经理的日程安排做好预约工作，安排商务旅行。
2、秘书：按秘书的从属和服务对象的角度，可分公务秘书和私人秘书两类。以秘书在组织内部的工作分工来分，可以分为：行政秘书、机要秘书、生活秘书、会议秘书、文字秘书、信访秘书、公关秘书。