中小企业合作难的原因主要是由于自身和外界两方面造成的，其中更多的原因在于中小企业内部，在创业初期，中小企业体系的不完善和内部条件的欠缺，导致合作贷款十分困难。而外部则是由于我国的合作环境使得中小企业竞争力欠缺，合作困难。
具体内部条件导致中小企业合作难的原因：
1.目前中小企业存在的问题比较突出，中小企业经营规模小、管理水平低、财务能力弱、潜在风险大，同时又存在技术水平差、市场信息不灵等问题，选择合适项目的难度大，银行贷款投放既不经济，风险又大。
2.由于不少中小企业重复建设严重，管理混乱，缺少市场竞争能力，从而严重影响了商业银行贷款的发放。
3.企业领导者的合同意识、履约水平和诚信观念十分淡薄，恶意举债、转嫁风险的现象时有发生，少数企业逃废或悬空银行贷款、不良合作率高加剧了金融机构的“惜贷心理”，影响了信贷投放的信心。
4.从企业负债与盈利情况看，中小企业负债水平整体偏高，盈利能力低下。
5.抵押贷款困难。中小企业自有资产少，可抵押物更少，且抵押物的折扣率高。而且，银行抵押担保评估登记部门分散，手续繁琐，评估中介服务不规范，对抵押物的评估往往也不按市场行为准确评估，随意性很大，费用也较高，造成企业抵押贷款困难。
外部环境造成中小企业合作难的原因则主要是因为银行，政府已经市场环境对中小企业的影响。目前，银行对于中小企业贷款的业务条件十分严格，同时，更多的资源转投向了一些教的的企业，导致对于中小企业的合作力度也不大。其次政府对于中小企业合作的问题没有一个法律体系，这让的中小企业的合作得不到保障。
