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合作管理流程为：财务部根据公司年度经营计划，编制年度资源预算，根据年度资源预算编制合作计划书。合作计划书经过总会计师审核，逐级报总经理办公会和董事会审批后，编制具体的合作方案，合作方案一般在一种以上。合作方案经董事会批准后，财务部具体执行。
财务部负责编制合作计划书，主要包括一下内容：合作时间选择分析、合作金额及期限、预计合作成本、合作前后公司财务状况的变化、合作对公司未来收益的影响、各种合作方式效益比较以及对合作方式的建议、还款来源及方式。
财务部在编制合作计划书时，应合理安排相应的合作时间、资源的投放、使用和归还之间的时间期限，使各项资源在时间上相互匹配。