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首先，金融创新是关键。当前中小企业合作难的焦点是不少银行中小企业贷款业务尚未建立，一些银行在信贷模式上仍然沿用以往应对大企业的办法，还没有建立起一套针对中小企业的客户筛选和风险管控体系，在专门队伍和人才培养方面，还缺乏一大批接受过专业培训的专职中小企业客户经理和管理人员以及行之有效的激励约束考核机制。要解决这一难题，关键是培育以中小企业为主要客户的中小金融机构，部分地方和金融部门应鼓励发展适应中小企业特点的小额贷款公司、村镇银行、中小企业投合作公司等新型金融机构。商业银行则应积极推动票据合作、授信贷款、个人创业贷款、循环额度贷款、小企业联保贷款等为中小企业量身定做的金融产品，为中小企业合作开设通道。
其次，政府在帮扶中小企业合作方面也还有大有可为之空间。在帮助中小企业经济救急方面应加大公共财政支持力度，并在对中小企业风险评估上多发挥监管的作用，帮助中小企业解决合作难问题。同时，政府应积极规范引导企业运用民间资源，拓宽中小企业直接合作渠道。目前民间资源活跃，政府应积极成立贷款公司等规范民间资源的运用。
此外，中小企业普遍存在信用不足也是合作难的重要因素之一。因而，中小企业在市场经济条件下要诚实守信，守法经营，规范管理，从自身提升素质，也为合作提高了合作条件，获得各方面的资源支持。如此，才能从根本上破解中小企业合作难。