答：谢邀。在初期先要明确好自己的方向和目标，先做一个整体的方案。而既然是运营，其主要目的是盈利，所以这块可以着重考虑。我帮你列个提纲，希望能帮到你。
一．发展方向与目标定位
二．产品定位与产品来源
三．盈利模式
四．竞争对手分析
五．可行度分析
六．营销定位
七．结果评估
另外针对如何运营好独立的B2C商城系统网站，给你几个思路。希望对你有帮助。
第一，进行SEO优化，从百度获取海量的长尾流量
　　独立B2C商城网站的SEO优化，跟普通的企业官方网站的SEO优化策略是不同的。普通的企业官方网站，只有几个丶十几个页面，所以通常只在网站首页设置3-5个最重要的关键词，并采取方法，对这3-5个关键词进行SEO优化，如果能使得这3-5个关键词在百度上排名靠前，就是成功的。这3-5个关键词，每天通常只能带来100个以内的IP流量。
　　而独立的B2C商城网站，对流量的要求极高，它需要海量的流量(几千丶几万丶十几万丶几十万的IP流量)，如果仅仅靠首页的3-5个重要关键词，显然无法带来足够的流量，也就无法提升足够的销量。由于独立B2C商城网站包含有海量的产品信息，我们假设你的商城包含有10万条产品信息，如果每条信息每天从百度获取1个IP流量，那么每天就能从百度获取10万IP。如果你的商城果真每天有10万IP，那么商城会活得相当滋润。
　　商城的每个页面，都对应着一个Title(标题)，Title里包含着产品关键词。商城的SEO优化人员，要针对每个页面进行SEO优化：从客户搜索心理的角度设计好每个Title的长尾关键词，并对页面做好用户体验结构布局和关键词布局，页面与页面之间做好内链。并且，一定要多做优质的原创内容和外链，提高商城的权重，让商城的大部分页面都能被百度收录。
　　第二，进行社会化媒体的品牌互动宣传推广
　　如果一个独立商城仅仅是一个简单的售卖产品的网站，那么，这样的网站既无法提高购买转化率，也很难实现长期的品牌效应。而社会化媒体，将帮助中小独立商城加快提升品牌的建设和升级。社会化媒体，包括博客丶论坛丶视频丶SNS丶空间丶微博丶微信等互动网络工具。中小企业通过社会化媒体的全面运作，可以把商城的品牌文化快速地传播出去，从而获得海量用户的情感认可。当这种情感认可一旦建立起来，商城的购买转化率就会成倍提升，商城也将因此进入良性的高速发展之道。
　　第三，进行大数据库的建立丶维护。
　　一个独立商城最核心的地方，就是大数据库。很多独立商城有流量，但由于忽视了大数据库的建立和维护，所以购买转化率和后续购买率极低。独立商城可以借用微博丶微信等第三方平台建立数据库，但从根本上来说，对第三方平台的依赖会导致以后受制于人。因此，独立商城应该建立属于自己独立的大数据库，给所有客户建立详细的数据资料，才能获得长远的发展。
　　小编叨一叨：以上几点肯定不能全面概括一个独立B2C商城网站的所有运营之道，但在小编看来以上几点是运营独立B2C商城系统必须的注意得点，只有注意了这几点，独立网店系统运营才会越来越好。