答：１、开票主体不同
普通发票可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票；专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开。
２、印制的机关不同
根据《税收征管法》第二十二条规定：＂专票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
３、发票内容不同
普票内容一般包括：票头、字轨号码、联次及用途、客户名称、银行开户帐号、商（产）品名称或经营项目、计量单位、数量、单价、金额，以及大小写金额、经手人、单位印章、开票日期等；专票除了上述内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等。
　４、发票联次不同
普票只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联；专票有四个联次和七个联次两种，第一联为存根联（用于留存备查），第二联为发票联（用于购买方记账），第三联为抵扣联（用作购买方扣税凭证），第四联为记账联（用于销售方记账），七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用。
５、是否可以抵扣进项税额
普票购货方不能抵扣进项税额；专票，购货方可以凭抵扣联，依法申报认证抵扣进项税额。