答：主要是持股人的身份、股转移、理论价值不同。
1、法人股是指企业法人或具有法人资格的事业单位和社会团体，以其依法可支配的资产，向股份有限公司非上市流通股权部分投资所形成的股份。
自然人股是区别于法人股的相对概念，即社会自然人参与募股或以发起设立方式所取得的股份公司的股权，是企业上市前的社会公众股，它与企业内部职工股同属于个人股。
2、与法人股相比，社会自然人股的优势是可以在自然人之间自由转让。
3、从理论上及本源上来看，社会自然人股的价值源自自然人所持股权企业的价值(主要是其赢利能力和未来成长空间)，以及其上市后套现的高回报。