答：(一)双方转让标的的称谓不同，因此主体双方的权利义务关系有区别。
1、有限责任公司转让股权实行严格的限制转让制度。对内主让与对外转让做了明显的区别：内部转让股权比较自由;对外转让股权实行严格限制，必须经全其他股东的过半数同意，经股东同意转让该股权，在同等情况下股东享有优先购买权，实行转让登记制度。
2、股份有限公司转让股权现对简单，实行自由转让。无论转让给内部股东还是外部投资者，都采取自由转让。
(二)、两者实质不同，因此两者转让的行为不同。
1、有限责任公司的股权转让是不完全独立的自由转让，原因是除了具有资合性，还具有较强的人合性。也是由于较强的人和性，有限责任公司的转让具有一定的封闭性，即对内开放，对外限制。
2、股份有限公司的股份转让，股份有限公司的股份转让是独立的转让，其本质是股份有限公司是完全的资合性公司。