答：一、运作机制不同。
普通股权合作一般只涉及两方当事人，即股权合作者与被合作企业，股权合作者及资源所有者，他对资源享有所有权和使用权，完全可以根据自己的判断自主决定合作于何企业，在这里资源的供给方与需求方直接联系，没有中介机构的介入。风险合作则涉及三方当事人，即：风险资源合作者，风险资源运作者(基金管理人)和风险企业。
风险合作的风险综合体现在合作，合作双方。对合作方而言，风险合作的资源往往会在目标项目上沉淀多年，甚至可能完全收不回来，无法全身而退。据统计，在美国获得风险合作的高科技企业中，大约60%会破产，只有10%能够上市。足见此合作风险。另一方面，对筹资者即风险企业而言，如前所述，为吸引风险合作，风险企业往往会让风险合作者拥有某些特权，例如在权益分配上可能超过其资源所占份额，而风险企业一旦成功，其回报率是相当高的，这样风险企业将较高比例的权益出让给合作者，就是以牺牲潜在利益为代价而获取风险资源，显然此代价是昂贵的。
二、退出机制不同。
由于普通股权合作追求的是一种长期合作收益，其目标是企业的长期利润分红，它主要是通过股利的收益回收合作，因此资源的回收是逐步的，基本上不存在一次性的资源撤出。而风险合作则不同，由于它是一种阶段性的合作，其退出机制对于风险合作的发展具有十分重要的意义。风险合作的退出机制主要由三种：一种是通过发行上市实现资源的退出；一种是通过兼并与收购实现；还有一种方式是通过场外交易实现。
三、合作对象与合作目的的差异。
风险合作又名创业合作，其合作对象为处于创业阶段的企业，这部分企业通常在营运初期风险很大，获利又不高，其诱人之处在于他未来极大的市场发展潜力。风险合作看重的是创新活动和创新成果潜在的商业价值，风险合作追求的是股本增值的收益，而不是利润分配的收益，与此相反，普通股权合作的合作对象一般都是处于成熟期以后的企业。其合作目的是为了追求来自公司利润的分红，倾向于长期利益。