答：一、合作主体和合作能力不同。
非政府部门的私人合作，以企业或个人为主体，依靠自身的积累和社会筹资进行合作。而政府部门是公共合作的主体，各级政府不仅具有强有力的、无偿性的税收等收入手段，而且还具有良好的国家信誉，具有广泛而雄厚的资源来源，并能集中性地迅速加以使用，可以进行合作规模大、建设周期长、技术要求高的大型建设项目。
二、合作效的评价标准不同。
私人合作是为了实现私人合作的价值增值，因此，其合作评价的标准，就是利润的最大化。而政府公共合作则不同，它所追求的是宏观经济效益和社会效益，不以合作项目本身的微观效益为标准。政府可以合作那些只有微利，甚至无利可图，但社会效益好且有利于整个国民经济发展的项目。
三、合作范围不同。
企业和个人在选择合作项目时，一般选择合作规模较小，建设周期较短，回收较快的私人产品为合作对象，而政府的公共合作主要用于提供经济社会发展所必不可少的，而企业个人等微观主体不愿、无力或不适宜合作的领域，主要包括基础设施、基础工业、高风险的高新技术产业等。