答：一、合作主体不同。公司合作的结果是公司成为另一个公司的股东。法定代表人合作是自然人作为合作主体成为股东。
二、责任承担方式不同。公司合作以公司认缴的出资额为限由公司财产承担责任。法定代表人合作以其认缴的出资额为限承担责任。
三、合作限制不同。一人有限公司可以作为合作人合作多家一人公司。而法定代表人只能合作一家一人有限公司。
四、收益主体不同。公司合作产生的收益归公司所有。法定代表人合作产生的收益归法定代表人所有。
五、管理主体不同。公司合作的公司，管理人员由公司股东会选举产生。法定代表人合作的公司，由其任命产生。