合作企业可以采取的一些做法：
1、反向尽职调查
合作人感兴趣的项目，会做尽职调查，以此深入了解一个企业的底细，并最终决定是否合作。其实企业也可以反过来对合作人做一个反向的尽职调查。以此了解合作人的真假、虚实、风格、偏好等。反向尽职调查简单易行，能起到多重作用。不但能以此判断一个合作人是不是真的合作人（如果那些被骗的企业事先做个简易的反向尽职调查，很多合作骗局就不会发生），还可以用来了解合作人的底细，以此来确定自己的谈判策略和风格。当然，如果该合作人有泄露甚至窃取商业秘密的可能性，也能够在此过程中发现端倪。
2、要求签署保密协议
很多合作人对保密协议不感冒，声称他们从来不签保密协议。但运行规范的合作人还是会同意签署的，因为他们知道相对于拿到一个好项目来说，保密协议只是一个小问题。并且这也反映了创业者或企业家的保密意识。他们可不希望合作一个商业秘密保护意识淡薄的企业，因为这将让他们的合作蒙受风险。
有些创业者，在商业计划书中直接列明保密条款，声称合作人只要阅读了该商业计划书，就要遵守保密条款。很多合作人对此表示很无语。
这些创业者还不错，知道使用保密协议来保护自己的权益。但可惜用错了地方。合作人每天要阅读大量的商业计划书，这其中有不少是相同或者相似的。你要求他们遵守保密条款，那是根本无法做到的。
所以保密协议一般出现在合作条款清单中，这是双方就投合作达成初步意向，并同意合作人做下一步尽职调查的第一份正式文件。
3、分阶段释放信息
要想让合作人决定向你合作，却不让他们知道你的商业秘密是不可能的。但这也不意味着你必须一下子就让他们知道你的所有秘密。
商业计划书是接触合作人的第一份文件，它是无法被保密的，所以在其中只能对各种问题做一下基本提示，不能太详尽，也不能包含核心机密。
在合作人要求你进行演示，以及就投合作与你进行磋商时，可以一步步的向他们透漏你的商业秘密。签署合作条款清单以后，你的大部分商业秘密就不应该再向合作人保留了。事实上你也基本保留不住了，因为尽职调查会把你的秘密都翻出来。
4、增强核心竞争力
其实，解决问题最得力的方法，还是增强自己的实力。做到即使别人知道了你的商业秘密，也不能对你造成威胁。为此要不断创新，强化各方面的实力，积累各方面的资源，不断的提高自己的竞争壁垒，而不是将宝全部压在商业秘密上。
总结：担心合作时商业秘密被泄露，这本身没有问题，甚至可以说是十分正确的，因为的确有相关的案例发生。但不能因为存在相关风险，就不去合作了。否则，就是因噎废食。
希望对你有用。