答：合作电影和合作其他一些项目一样，因为合作者往往是从项目策划或者启动初期便开始参与，时间间隔过长，所以无法提前预知结果，难以将判断依据标准化。但是和VC一样，并不是说高风险合作领域，就没有规避合作风险的方法。
仅从如何回收的角度来说，运作一个电影项目，其实收益的渠道有很多，一些小制作电影往往从政府奖励、行政补助、广告植入、网络版权上就已经收回合作甚至大有盈余，所以无需只盯着票房。包括好莱坞电影，票房其实也没有多少参考价值，从60年代之后，北美电影的销售渠道越来越多元化，电影项目的合作人组合也越来越复杂，所以票房滑铁卢的电影未必发行方不赚钱（好莱坞五大电影公司目前以发行业务为主）。而票房非常高的电影，属于合作方的收益也未必是正的。
电影行业和家具行业、卫浴行业、快消行业、出版行业没有本质上的区别，票房只是个零售额数字而已，它代表着某个渠道的销售规模。所以如果从票房上来判断一部电影，那么和其他行业一样，这个数字其实是可以被量化的，并且也可以被预估。
预估票房的分析工具很多，具体可以参考：如何专业地预估票房？，google的白皮书里谈到了一些分析模型，我也在其中有列了一种80年代的主要分析工具，这个工具虽然后来有所变化，但一直到今天仍然是美国一些发行公司，在讨论项目时最主要的方法论依据。但是预估完了之后，你能不能按照既定目标去实现每一个环节的管控，按照可标准化的方式操作，在出现问题时能不能及时解决和调整，才是票房能够实现计划目标的关键。
所以，对题主的问题，我的答案和@為夢而生 老师不太一样，判断一部电影是不是可以合作，在中国电影市场目前状况下，应该要去判断在这个电影项目中，主要参与者是不是属于可以被合作的状态（参考姜文在《太阳照常升起》和《让子弹飞》两个项目筹备期时的不同状态，以及不同的团队组合），跟策划书的关系不大。
一个很好的项目在不同的阶段由不同的人去实现，结果肯定是不一样的，一个看似一般的项目主要的参与者如果处于一个最佳的状态时，也可以爆发让人意向不到的能量。《泰囧》当年在北京城转了一圈，几家成熟的公司都觉得作为喜剧电影，合作太高，而且手上也不缺项目，所以不够热心。光线当时的发行队伍还弱，所以拿不到好项目，找上门的靠谱项目大部分是比《泰囧》更小的制作，规模稍微大点光线都占不到主动，更别说发行权了，因此最终和徐峥一拍即合。
当然，接下来几年，中国电影市场是个快速成熟的阶段，所以我相信三年后，一线的公司基本上都可以建立起相对标准化的管理模式，整个电影工业的体系也会比较完整，控制电影项目风险的一些第三方机构会陆续涌现出来，观众也要更为成熟。国产电影在当时的年上映数字肯定会超过300部（2013年约一百多部），在残酷的竞争环境下，一个电影项目中单个人的因素会适当降低，团队的决策能力，和各个环节之间的衔接配合成为那个时候一部电影能否成功的主要原因。
那么，上面这句话另外一个意思就是，至少在三年内，不要妄图去从标准化管理上来完全驾驭电影项目，而应该将关注点应该更多的放在“人”身上。所以第二个问题的意义不大，就不回答了。
至于资源有没有更科学的方法，参与电影项目，并且降低合作的风险，这属于要收费的范畴了，请题主去请教专业公司
（注明一下，本人是某影视合作管理公司创始合伙人之一，所以本回答有广告的嫌疑。）