答：设立中外合作企业的申请流程：

1.项目建议书的申报审批

　　中方或外方合作者可以通过各种途径选择合资(合作)者，在了解合资(合作)者的业务范围和资信状况，确定合作意向后，由中方合作者编写项目建议书，报审批部门(发展改革委员会)审批。项目建议书批准后，中方合作者应向工商行政管理部门申请企业名称登记，以保护名称专用权和防止重名。
2.可行性研究报告的申报审批
　　中外合作者应在项目建议书批准后，就合资(合作)项目涉及的市场、资源、规划选址、工艺、技术、设备、环保、原材料销售、经济效益、外汇平衡以及基础设施配套等事项进行可行性研究，共同编制可行性报告，报审批部门(发展改革员会)审批。在可行性研究报告的基础上，中外合作者可商签设立企业的合同、章程等法律文件。
3.合同、章程的申报审批及申领外商合作企业批准证书
　　可行性研究报告经批准后，由中方合作者将合同、章程等法律文件报送审批部门(商务或地方相应政府机构)审批。审批部门在收到可行性研究报告和合同、章程等文件之日起，90日内决定批准或不批准。申请设立合作企业，应在45日内决定批准或不批准。经批准后，由审批部门颁发外商合作企业批准证书。
4.营业执照的申领
　　中外合作者在领取外商合作企业批准证书之日起，30日内向工商行政管理部门办理登记注册手续，并领取营业执照。营业执照签署日期为合资(合作)企业的成立日期。
　　外国合作者设立独资企业，可委托具有相应资格的咨询代理机构办理申请和报批等事项。独资企业的设立程序较为简单，只需填写《在中国设立外资企业申请表》、编制可行性研究报告、编写公司章程等有关文件，向审批部门(商务部或地方相应政府机构)申请报批。根据外资企业法的规定，审批部门应当在收到申请之日起90天内决定批准或不批准。经批准后，由审批部门颁发外商合作企业批准证书，凭批准证书办理相关登记注册手续。
　　外商合作企业在领取营业执照起30日内还需向有关部门办理相关登记手续，如到银行开立外汇及人民币账户;到税务部门办理税务登记;办理海关登记;到外汇管理部门办理外汇管理登记;到商检局办理商检登记;到劳动局办理招工、招聘手续，境外人员就业手续等。