答：公司合作，又称企业合作，是指由现有企业筹集资源并完成项目合作建设的组织形式。在这种组织结构安排下，不组建新的项目法人，项目由现有企业发起，现有企业进行合作决策，承担合作风险，也承担决策责任。现有企业除投人权益资源外，还以其自身信用为项目筹集债务资源，并承担项目负债合作的债务风险。整个现有企业（包括项目本身）的现金流量和资产都可用于偿还债务，并承担相应的担保责任。公司合作组织结构下的合作项目，既可以是利用原有资产的改扩建项目，也可以是新建项目。
项目合作是指为建设和经营项目设立新的项目法人——项目公司，由项目公司完成项目的合作建设和经营还贷。其基本特点是，项目的合作决策由项目发起人（企业或政府）作出，项目发起人发起组建项目公司；项目公司财务独立，以项目自身的盈利能力来偿还债务，并以自身的资产承担债务担保责任。债权人仅对项目本身的资产和盈利能力具有追索权，而对项目发起人没有追索权。在这种合作结构安排下，项目能否还贷仅仅取决于项目是否有可靠充足的财务效益，因此又称“现金流量合作”。同时，这种合作组织形式下，债务和股本的结构安排是否合理，直接影响项目的现金流量及项目的还本付息风险，因此又称为“结构式合作”。项目合作组织形式下的合作项目，一般是新建项目，但也可以是将现有企业的一部分资产剥离出去，并在此基础上组建新的项目法人的改扩建项目。
项目合作和公司合作的主要区别在于项目合作仅以项目自身的现金流量和资产偿还债务资源和提供担保，以项目本身为基础设立新的财务独立的项目公司，而公司合作不设立新的项目法人，项目与原有企业的资产联为一体，债务资源的偿还可以整个企业的信用为基础。但实际上，纯粹的项目合作和纯粹的公司合作都极少存在。公司合作通常也要考虑项目自身的盈利能力和清偿能力，项目合作也通常要寻求项目以外的债务担保。两种合作方式往往相互交叉，又不断创新，演绎出各种不同的合作组织形式。如作为项目合作重要方式的BOT合作方式，就演绎出几十种具体的组织方式。咨询工程师在具体项目的策划中，必须根据项目的具体特点及合作环境的具体情况，选择适合项目特点的合作组织方式。